Moulins erlebte sein goldenes Zeitalter im 15. Jahrhundert, als die Herzöge von Bourbon, nach denen die Region des nördlichen Zentralmassivs auch heute noch Bourbonnais genannt wird, in der Stadt an der Allier residierten und als die nahen Klöster, vor allem Souvigny, sich zu geistigen und kulturellen Zentren neben dem politischen Zentrum Moulins entwickelten. Der Name der Stadt bezieht sich auf die Mühlenschiffe, die in der Allier noch bis zum Ende des 18. Jahrhundert verkehrten und für den Transport der Kornernten aus diesem Teil Frankreichs zuständig waren.